蛋白質分離器是海水缸器材的心臟，了解蛋白質分離器的工作原理也就顯得至關重要。我們可以簡單的將蛋白質分離器的工作原理總結為：打泡沫，又因為打泡是制造泡沫的一個不錯的辦法，所以也有人將蛋白質分離器稱為“泡泡機”。

蛋白質分離器工作原理詳細來講就是蛋白質分離器運作過程中產生大量小泡泡，泡泡的表面有帶電荷的離子在上升過程中可以帶走水中的蛋白質。因為泡沫形態的表面張力比較大，蛋白質分離器是有效地利用氣泡的表面張力來分離水中的蛋白質，并將蛋白質擠出。泡沫的粘度將隨著表面的增強、擴大，以及氣泡的逐漸消失而改變。

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